Biobanco Vasco

I+D+i Biobanking

https://www.biobancovasco.org/upload/2.4.-PROYECTO-BIG-DATA-EN-SALUD-PUBLICA.-FVIIS-Bionbanco-Vasco.pdfEl incremento de la demanda de muestras biológicas y datos clínicos asociados de alta calidad para investigación biomédica conlleva que los biobancos, además de ser plataformas de apoyo a la investigación, desarrollen una I+D propia para mejorar sus procesos. En este sentido, el Biobanco Vasco define en su plan estratégico la apuesta por la I+D con el objetivo de mejorar sus servicios y su sostenibilidad.

El Biobanco Vasco tiene dos líneas de I+D+i en biobancos:

1. Estudio de las variables preanalíticas que afectan a la calidad de las muestras Casi todos los tipos de muestra biológica consiste en células vivas o moléculas en suspensión que derivan de estas células. Estas muestras pueden alterarse cuando están sujetas a cambios o elementos de estrés durante la obtención, procesamiento, almacenamiento y trasporte/entrega al investigador. Además, otros factores pueden cambiar la estabilidad de las muestras como pueden ser por ejemplo, la toma de sangre, el procedimiento quirúrgico o la autopsia. Estas variables afectan sensiblemente la composición molecular de la muestra en un espacio corto de tiempo y ponen en peligro la correcta interpretación de los resultados obtenidos con dichos bioespecímenes. Nuestro objetivo es aportar conocimiento sobre estas variables preanalíticas y nuevas estrategias de procesamiento de muestras.

En esta línea el Biobanco Vasco participa en el proyecto OPTIMARK (Optimización de muestras de tejido para el desarrollo y la validación de biomarcadores de enfermedad) financiado por el Instituto de Salud Carlos III. Este proyecto está dirigido a analizar el potencial actual de muestras almacenadas en biobancos de la Red Nacional de Biobancos (RNBB) y su correlación con sistemas de codificación de consenso internacional que incluyen variables pre-analíticas; y prospectivamente, a desarrollar protocolos optimizados para la toma de muestras de diferentes orígenes, el control de factores pre-analíticos claves, y la evaluación (algoritmos de validación) de analitos relacionados con biomarcadores.

2. Herramientas para propulsar proyectos de big data.

Queremos basarnos en las nuevas tecnologías de la información y en las habilidades en el uso de Desarrollo de un proyecto de big data en salud pública: proyecto MIDAS (Meaningful Integration of Data Analytics and Services) Data para resolver problemas complejos relacionados con el descubrimiento científico e investigación biomédica.

El Biobanco vasco participa en el proyecto europeo MIDAS (Meaningful Integration of Data, Analytics and Services) que está financiado por el programa Horizonte2020 de la Unión Europea.

En la actualidad no existen estrategias para dar acceso de forma ordenada y de acuerdo con el actual marco ético-legal a la gran variedad de datos públicos (bases de datos heterogéneas y desestructuradas) y de los sistemas sanitarios que proporcione conocimiento que pueda ser utilizado para realizar políticas de salud pública.

MIDAS se centrará en crear una plataforma para la adquisición de fuentes de datos, modelado, procesado y explotación de grandes cantidades de datos para desarrollar una solución hecha a medida para apoyar a las autoridades de salud pública.

En este proyecto, liderado por la Universidad de Ulster (Reino Unido), participan las Autoridades Sanitarias de 5 países europeos y EEUU (Policy Board) y expertos técnicos de Desarrollo de un proyecto de big data en salud pública: proyecto MIDAS (Meaningful Integration of Data Analytics and Services)Big Data de distintos centros de investigación (Executive Board).

Por otro lado, también participa en el proyecto DIAPA “Digitalización de la Imagen de Anatomía Patológica en la gestión de biobancos”. Se trata de un proyecto de innovación que dará como resultado una mejora sustancial en la actividad de los biobancos a través de la digitalización de la imagen de la anatomía patológica.

Los objetivos del proyecto son:

Normalizar los procesos de digitalización, almacenamiento y visualización según los estándares DICOM y HL7.
Mejorar la eficiencia en el almacenamiento y gestión de muestras de anatomía patológica.
Proporcionar un sistema de visualización adaptado que asegure una experiencia de usuario óptima.
Homogeneizar el proceso de registro de muestras.
Ofrecer un mecanismo eficiente para la cesión de muestras desde los biobancos.
Permitir la búsqueda de muestras en los diferentes biobancos en base a imágenes y datos clínicos asociados.
Incorporación de una plataforma de interoperabilidad para su uso desde sistemas externos a la red de biobancos.
Crear un modelo de repositorio de preparaciones digitales basado en normas internacionales, integrado con los sistemas de información de biobanco y departamentales y con un sistema avanzado de búsquedas.
Desarrollo de un sistema en el que se implemente la normalización en base a estándares (DICOM, HL7, IHE) de los procesos de digitalización, almacenamiento y visualización de las muestras de Anatomía Patológica y su aplicación en el contexto de la Red Nacional de Biobancos.

En consecuencia, el sistema fomentará la integración y la armonización de los procedimientos, aportando en definitiva un valor añadido en su condición de servicio público tanto a la comunidad científica como a los pacientes integrados en el Sistema Nacional de Salud.

BAHIA SOFTWARE lidera a la agrupación promotora del proyecto DIAPA subvencionado por el Ministerio de Economía y Competitividad, a través del Centro para el Desarrollo Tecnológico Industrial (CDTI), y el fondo FEDER de la Unión Europea. Esta agrupación está constituida, por Servicios De Desarrollo Orientado A Soluciones (SDOS), por Soluciones Y Proyectos De Información (SIXTEMA) y el Biobanco Vasco y Biobanco del Sistema Sanitario Público de Andalucía.

Anteriores proyectos liderados por el Biobanco Vasco

El Biobanco Vasco lideró el proyecto europeo BIOPOOL cuyo fin fue el desarrollo de un buscador de muestras biológicas en una red de biobancos, mediante técnicas de visión artificial y semántica. El objeto de este proyecto era desarrollar una herramienta que facilita al investigador una herramienta para buscar en una red de biobancos, imágenes que coinciden con la imagen y los datos de la muestra de interés. El proyecto fue financiado por la comisión europea bajo el Séptimo programa marco (2012-2014). El consorcio BIOPOOL unió la amplia experiencia de 7 socios (Biobanco Vasco-BIOEF), TECNALIA, eMedica, Cultek, EMC biobank, Pertimm, Brunel University) provenientes de 4 países de la comunidad Europea.

Además de la actividad propia, el Biobanco Vasco participa en diferentes proyectos de I+D+i de la Red Nacional de Biobancos http://redbiobancos.es/ del Instituto de Salud Carlos III.

Para ampliar información sobre la actividad del Biobanco Vasco se puede consultar (Aaro Tupasela & cols. Review 322/2015: Patients, Business and the State; Tupasela et al., “Constructing populations in biobanking” Life Sciences, Society and Policy (2015) 11:5).).

Publicaciones relevantes del Biobanco Vasco sobre “science biobanking”: